Albertshofen wurde als Alburgeshouen in einer Lehensgabe Gottfrieds von Hohenlohe an Otto Fuchs und seinen Bruder Konrad aus dem Jahr 1317 erstmals erwähnt.

Der Ort war früher zweigeteilt. Das kleinere Unterdorf gehörte dem Kitzinger Spital. Besitzer des größeren Oberdorfes waren die jeweiligen Schlossbesitzer von Mainsondheim, bis 1592 die Herren von Crailsheim, bis 1727 die Familie Fuchs von Dornheim und seit 1727 die Freiherren von Mauchenheim, genannt Bechtolsheim.

Das Amt des Hochstiftes Würzburg/Spital Kitzingen fiel 1803 (Reichsdeputationshauptschluss) an Bayern und musste 1805 im Frieden von Pressburg Erzherzog Ferdinand von Toskana zur Bildung des Großherzogtums Würzburg überlassen werden. Die hiesigen Besitzungen der Freiherren von Bechtolsheim wurden 1806 mediatisiert. Im Zuge der Verwaltungsreformen im Königreich Bayern entstand mit dem Gemeindeedikt von 1818 die heutige Gemeinde.

Der Ort entwickelte sich im 19. Jahrhundert von einer Weinbaugemeinde über den Obstanbau hin zu einem bedeutenden Gemüseanbaugebiet. Vor einigen Jahren wurde der Weinbau mit 16 Hektar Albertshöfer Herrgottsweg wiederbelebt.

1996 wurde der erste Bürgerentscheid Bayerns in Albertshofen durchgeführt. Thema war der geplante Bau einer Brücke nach Mainstockheim. Dieses Bauvorhaben wurde schließlich mit einer Mehrheit von 10 Stimmen abgelehnt.